Objectivos, Programa, Docente

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Objectivos

Pretende-se que o aluno

• Se familiarize com os conceitos básicos de Biologia Molecular Computacional
• Entenda os algoritmos básicos de Bioinformática, nomeadamente em emparelhamento de sequências, filogenia e reconhecimento de padrões no genoma e proteoma.
• Tenha uma perspectiva das questões abertas na área.

Programa

1. Problemas Computacionais em Biologia Molecular
2. Revisão dos Conceitos Fundamentais da Biologia Molecular
   1. DNA
   2. Proteínas
   3. Bases de Dados
3. Alinhamento de Pares de Sequências
   1. Homologia
   2. Alinhamento Globais: Algoritmo de Needleman e Wunsch
   3. Alinhamento Locais: Algoritmo de Smith e Waterman
   4. Alinhamento para Funções de Penalização Afins
   5. Métodos Heurísticos: BLAST
   6. Modelos para Alinhamentos: BLOSUM
4. Alinhamentos Múltiplos
   1. Avaliação de Alinhamentos Múltiplos
   2. Alinhamento em Estrela
   3. Alinhamento em Árvore: Clustal-W
5. Árvores Filogenéticas
   1. Métodos de Construção
   2. UPGMA
   3. Junção de Vizinhos
   4. Parcimónia
   5. Branch & Bound
6. Modelos Probabílisticos
   1. Conceitos Básicos de Probabilidade
   2. Cadeias de Markov
   3. Aplicações: Encontrar Genes
   4. HMMs
   5. Aprendizagem de HMMs: "Forward-Backward"
   6. Aplicações: Profile HMMs
7. Expressão de Genes
   1. Clustering Hierárquico
   2. Clustering por K-Médias
   3. Clustering EM
8. Estrutura de Proteínas
   1. Níveis de Descrição
   2. Modelação Por Homologia
   3. Threading
9. Novas Áreas
   1. Biologia Comparativa
   2. Biologia de Sistemas
   3. Ontologias
   4. Medicina Molecular

Docente

• Vítor Santos Costa. Email: vsc@dcc.fc.up.pt

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